Johdatus MyDogDNA-paneelitestaukseen ja perinnöllisten sairauksien testitulosten raportointiin

Koirilla tunnetaan noin 600 perinnöllistä sairautta tai muuta ominaisuutta. Koirien genetiikan tutkimusryhmien tekemien mutaatiolöydösten sekä näiden pohjalta kehitettyjen yksittäisten geenitestien avulla noin 160 näistä voidaan tällä hetkellä testata. MyDogDNA on ensimmäinen paneelitestauskonsepti, johon yhdistyy samalla myös tutkimuksellinen lähestymistapa. Tämä auttaa sekä kasvattajia että tutkijoita kartoittamaan tunnettujen perinnöllisten sairauksien esiintymistä ja levinneisyyttä eri koiraroduissa ja tarjoaa koiranomistajille mahdollisuuden saada tulokset kaikille testipaneelin avulla kartoitetuille rodussa tunnetuille sairauksille. Paras lähtökohta esitellä tarkemmin MyDogDNA-testipaneelia ja testitulosten raportointia lienee vastata koiranomistajien useimmin esittämiin kysymyksiin.

Kuinka perinnölliset sairaudet ilmenevät koirissa?

Suurin osa koirilla esiintyvistä perinnöllisistä sairauksista noudattaa autosomaalista peittyvää (resessiivistä) periytymismallia. Yleensä tämä tarkoittaa sitä, että koiran tulee periä kaksi kopiota (yksi emältä ja yksi isältä) sairauden taustalla olevasta mutatoituneesta geenimuodosta, jotta sairaus ilmenisi. Tämä tarkoittaa myös sitä, että koira voi olla mutatoituneen geenimuodon kantaja, jolloin se kantaa mutaatiota DNA:ssaan ilman, että sairauden oireita koskaan ilmenee. Kuitenkin, kun kaksi saman mutaation kantajaa on paritettu, osa syntyneistä pennuista voi olla geneettisesti sairaita kyseisen sairauden osalta.

Monet perinnölliset sairaudet ovat hyvin yleisiä sen vuoksi, että rodussa on suuri määrä sairauden kantajia. Tämä sairauden rikastuminen heijastaa puolestaan populaation historiassa tapahtuneita geneettisiä pullonkaulailmiöitä, kuten esimerkiksi populaation perustajien rajallista määrää, sisäsiitosta sekä suosittujen urosten liikakäyttöä jalostuksessa.

Peittyvästi periytyvien sairauksien lisäksi on olemassa myös muita periytymismalleja. Jotkut sairaudet noudattavat autosomaalista vallitsevaa (dominanttia) periytymismallia, jossa yksi peritty mutatoitunut geenimuoto riittää aiheuttamaan alttiuden sairaudelle. Tietyt mutaatiot sijaitsevat sukupuolen määrittävässä X-kromosomissa, mikä tarkoittaa, että niiden aiheuttamat sairaudet noudattavat niin kutsuttua X-kromosomaalista periytymismallia.

On tärkeää tiedostaa, että kaikki sairaudet eivät johdu yksittäisistä mutaatioista yhdessä geenissä. Monet yleiset koirien terveysongelmat, kuten lonkkavika ja epilepsian useat muodot, näyttävät olevan monigeenisiä, eli niiden taustalla on useiden geenien yhteisvaikutus. Tämä tarkoittaa sitä, että oireiden ilmenemisen laukaisevat useiden geneettisten varianttien eli geenimuotojen ja altistavien ympäristötekijöiden yhteisvaikutus. Tällaisia geneettisiä riskivariantteja, jotka lisäävät geneettistä alttiutta tiettyihin tautitiloihin, on tunnistettu esiintyvän. Monet näistä varianteista ovat kuitenkin hyvin yleisiä eri roduissa ja lisäävät sairastumisalttiutta vain vähäisesti. Näin ollen, geenitestien kehittäminen näitä monigeenisiä sairauksia ajatellen, ja tällaisen tiedon hyödyntäminen käytännön tason kestävissä jalostusvalinnoissa, on edelleen jatkuvan tutkimuksen kohteena.

Miten perinnöllisten sairauksien paneelitestaus toimii käytännössä? Onko se tieteellisesti hyväksytty testausmenetelmä?

Geenimutaatioiden paneelitestausta on kutsuttu seuraavan sukupolven testauskonseptiksi, joka vihdoin mahdollistaa lukuisten perinnöllisten sairauksien kustannustehokkaan samanaikaisen seulonnan (esim. Slutsky et al., 2013). MyDogDNA-testauskonsepti perustuu räätälöidysti kehitettyyn DNA-mikrosiruteknologiaan, yhdistettynä PCR (polymeraasiketjureaktio) - tuoteanalyysiin, joka mahdollistaa mutatoituneiden perimän kohtien suoran kartoittamisen koiran DNA:sta. Kaikki testitulokset käyvät läpi MyDogDNA-tutkijatiimin tarkan manuaalisen tarkastuksen ja laadunvalvontaprosessin. Lisäksi jokainen mutaatiokohta tutkitaan yksittäisesti jopa kolme kertaa laadukkaiden tulosten varmistamiseksi. Testipaneelin näytetyyppi- ja toistovalidoinnit ovat myös tutkijatiimin huolellisesti suorittamia.

Miten sairausgeenitestien tulokset raportoidaan?

MyDogDNA-paneelianalyysin tulosraportointi seuraa autosomaalisesti peittyvästi, autosomaalisesti vallitsevasti ja X-kromosomaalisesti periytyvien sairauksien perinteisiä protokollia. Näin ollen yksittäiset testitulokset ilmoitetaan samalla tavalla kuin jos testit olisi tehty erikseen. Esimerkiksi näin: Tyypilliselle resessiivisesti periytyvälle sairaudelle koiralle, jolla ei ole yhtään kopiota tarkastellusta sairautta aiheuttavasta mutaatiosta perimässään, tulokseksi raportoidaan Normaali. Koira, joka kantaa yhtä mutatoitunutta kopiota geenistä on testituloksissa Kantaja, minkä osoittaa myös tulosluetteloon lisätty keltainen lippu . Sairaudelle altis eli Sairas koira kantaa kahta mutatoitunutta geenimuotoa perimässään. Tätä testitulosta kuvaa punainen lippu . Näytämme myös varsinaisen genotyypin genetiikasta kiinnostuneita koiranomistajia ajatellen. On huomionarvoista, että testitulos Sairas ei aina tarkoita, että koiralla ilmenee sairauden oireita, vaikka se onkin sairaudelle geneettisesti altis.

Tutkijatiimimme on tavoitettavissa perinnöllisyysneuvontaa ja tulosten tulkitsemisessa lisäapua tarvitseville. Yhteyttä voi ottaa sähköpostitse osoitteeseen: info@mydogdna.com.

Onko MyDogDNA-testipaneelin avulla mahdollista löytää rodultani uusia sairauksia?

Kyllä, on mahdollista, että MyDogDNA-testipaneeli auttaa löytämään joitakin testattuja mutaatioita myös sellaisista roduista, joissa näitä ei aiemmin ole kohdattu. Kuitenkin se, ilmenevätkö nämä mutaatiot samalla tavalla ja aiheuttavatko ne samaa sairautta myös muilla kuin alun perin tutkituilla roduilla, otetaan aina tieteellisen jatkotutkimuksen aiheeksi. Tämän takia saatat nähdä suurennuslasin kuvan  koirasi testitulosluettelossa. Symboli tarkoittaa sitä, että MyDogDNA-tutkijatiimi aloittaa aktiivisen tutkimusprosessin, jonka tavoitteena on sekä vahvistaa geenimutaation esiintyminen rodussa että hankkia lisätietoa sen yleisyydestä ja levinneisyydestä. Tutkimus jatkuu tästä edelleen geneettisesti alttiiden koirien kliiniseen kuvaamiseen yhteistyössä eläinlääkäreiden ja tutkijoiden kanssa. Ensimmäinen askel on aina yhteydenotto alkuperäisen mutaatiolöydöksen tehneen tutkimusryhmän johtajaan, jotta ryhmän työtä sairauden kuvailussa kunnioitetaan.

Uutta löydöstä seuraava ja yhteistyössä tehty MyDogDNA.tutkijatiimin tekemän löydöksen kuvaaminen on välttämätön ennen kuin voidaan varmasti todeta, että löydöksellä on merkitystä myös uusille roduille ja että se tulisi ottaa huomioon jalostusvalinnoissa. Tarkan validointiprosessin ja tieteellisen lisätyön tarpeen vuoksi on hyvin vaikea antaa täsmällistä aikataulua sille, että uusi testi ja sen tulokset voidaan vapauttaa koiran tulosraporttiin. Joskus voi olla jopa tarpeellista poistaa testi tutkimusprosessin ja uusista koirista saatavien lisänäytteiden keräämisen ajaksi. Kun kliininen kuvaaminen on saatu päätökseen, uuden rodulle validoidun testin tulokset voidaan vapauttaa koiranomistajalle.

Tiedän, että rodulleni on olemassa myös muita geenitestejä. Miksi nämä eivät ole mukana testipaneelissa?

Ensinnäkin on todettava, että tiettyjen testien käyttöä rajoittavat lisensioinnit ja patentit hankaloittavat pyrkimyksiä rakentaa mahdollisimman kattava testipaneeli perimän terveyden kartoittamiseksi. Toiseksi paneelianalyysin taustalla oleva ja useiden mutaatioiden yhtäaikaisen testaamisen mahdollistava tekninen validointiprosessi on hyvin pitkä. Jokaisen geneettisen sairauden kohdalla validointi vaatii tarkistusnäytteitä sekä sairauden kantajista että sairaudelle alttiista koirista sekä myös jokaisen testin hallittua uudelleentoistoa. Mikäli huomaat, että paneelista puuttuu jokin testi, jonka tarvitsisit rodullesi, voit auttaa sen mukaan tuomisessa lähettämällä meille näytteitä sellaisista koirista, jotka ovat saaneet Kantaja tai Sairas - tuloksen aiemman testauksen yhteydessä. Kaiken kaikkiaan näytteiden saaminen koirista, joilla on diagnosoitu tai joilla epäillään olevan perinnöllinen sairaus, olisi erittäin arvokasta tutkimustarkoituksillemme. Voit ottaa yhteyttä asiakaspalveluumme osoitteessa info@mydogdna.com.

 

Slutsky J., Raj K., Yuhnke S., Bell J., Fretwell N., Hedhammar A., Wade C., Giger U. A web resource on DNA tests for canine and feline hereditary diseases. Vet J 2013; 197(2): 182-187