Uutta tietokannassa: Perinnöllisten eroavaisuuksien tarkastelu maiden ja tagien mukaan

MyDogDNA-tietokantaa päivitetään jatkuvasti sekä teknisten ominaisuuksien että uusien toimintojen osalta. Nyt uusimpana toimintona olemme tuoneet mukaan uusia toiminnallisuuksia perinnöllisistä eroavaisuuksista kertovien kuvaajien tarkasteluun koirakohtaisten tietojen perusteella. Alla olevat kuvat esittelevät tietokannan erilaiset näkymät ja sen, minkälaista uutta tietoa näiden avulla voidaan rodusta saada.

Perinnöllisistä eroavaisuuksista kertovassa kuvaajassa rotua voi tarkastella yhtenä joukkona. Jokainen piste kuvaajalla esittää yhtä testattua yksilöä. Pisteiden väliset etäisyydet kertovat sen, kuinka samanlaisia tai erilaisia koirat keskenään ovat perimänlaajuisesti mitattuna. Oman koiran sijainti on merkitty kuvaajaan pallon avulla. Sekä tässä että muissakin näkymissä on mahdollista nähdä niin haluttaessa kaikki omat ja itselle jaetut samaa rotua olevat koirat.

Kun "Värjää mahdolliset geneettiset linjat" on valittu, tietokanta värjää toisiaan geneettisesti lähellä olevat rodunsisäiset keskittymät eri väreillä niiden erottamiseksi toisistaan. Värjäys tapahtuu tietokannan laskennoissa havaitsemien koirien keskinäisten perinnöllisten eroavaisuuksien perusteella: geneettisesti samankaltaisemmat yksilöt värjäytyvät samanvärisiksi. Esimerkkikuvaajassa näkyy selvästi se, että kultaisetnoutajat jakautuvat geneettisesti kahteen selkeästi toisistaan eroavaan pääjoukkoon.

UUTTA: Valitsemalla "Värjää maittain" -toiminnon voi kuvaajassa nähdä eri väreillä sen, mistä maista kuvassa näkyvät yksilöt ovat. Värjäys perustuu siihen, mikä on koiran omistajan tietokantaan ilmoittama kotimaa ja näin ollen koiran sen hetkinen asuinmaa (eli maa, jonka geenipooliin koira todennäköisimmin jättää leimansa tulevaisuudessa). Tämä antaa uuden ja ainutlaatuisen mahdollisuuden tarkastella maakohtaisten populaatioiden välisiä perinnöllisiä eroavaisuuksia. Yllä olevasta kuvasta voi selkeästi havaita esimerkiksi sen, miten venäläiset kultaisetnoutajat erottuvat omana alajoukkonaan. Tarkempaa maakohtaista tarkastelua voi tehdä viemällä hiiren kunkin maan nimen päälle, tällöin kyseisestä maasta olevat koirat näkyvät korostettuina muiden yksilöiden himmetessä taustalle.

Toisena uutena toimintona perinnöllisistä eroavaisuuksista kertovaan kuvaajaan on tuotu mahdollisuus tarkastella koirien välisiä eroavaisuuksia koiranomistajien ilmoittamien tagien mukaan. "Värjää tagien mukaan" -toiminnon avulla voi tutkia sitä, eroavatko esimerkiksi omistajien näyttelykoiriksi ja metsästyskoiriksi määrittelemät yksilöt geneettisesti toisistaan. Kultaistennoutajien kuvaajassa kaikki näyttelykoiriksi merkityt koirat sijoittuvat oikealle. Tämä voi havainnollistaa kahden geneettisesti erilaisen linjaisuuden perinnöllisten erojen taustoja. Tietokannassa on vielä suuri joukko koiria, joille ei ole määritelty tageja. Olisikin mielenkiintoista saada koirille lisää tagimerkintöjä tämän kuvaajan tuoman tiedon ja hyödyn maksimoimiseksi!

Viimeisessä kuvaajassa voi tarkastella FCI-roturyhmän sisäisiä perinnöllisiä eroavaisuuksia, yllä esimerkkinä tästä noutajat. Kuvaajasta näkee sen, mitkä noutajarodut ovat geneettisesti toisiaan lähempänä ja mitkä kauempana. Testattujen koirien perusteella novascotiannoutajat ja kiharakarvaiset noutajat vaikuttavat olevan noutajaryhmässä perimältään läheisimpiä. Rotukohtaisten otantojen kasvaessa kuva tarkentuu entisestään. Tässä kuvaajassa on myös mahdollista tarkastella kaikkia omia samaan roturyhmään kuuluvia koiria yhtäaikaisesti. Kuten kuvassa näkyy, demokoiramme omistajan omistuksessa on myös labradorinnoutaja, jonka sijaintia kuvaava pienempi pallo näkyy labradorinnoutajien joukkiossa. Asiakkaiden perusteltujen toivomusten perusteella on myös mahdollista luoda räätälöityjä erikoisroturyhmiä (esimerkiksi roturisteytysprojektien seuraamista varten, tai jotta voitaisiin vertailla omaa rotua muihin rotuihin, joista sen uskotaan polveutuvan).

Tällaisia uutuuksia MyDogDNA-tietokantaan on tuotu sekä helpottamaan koirien perinnöllisten eroavaisuuksien tarkastelua että tuomaan paljon uudenlaista mielenkiintoista tietoa kaikkien saataville!